La película se desarrolla en el Nuevo Digimundo, un mundo creado por Yggdrasil, la Computadora Central, como hábitat para los "Digimon Elegidos", un grupo de digimon escogidos por el "Proyecto Ark", para ser salvados de la destrucción del Viejo Digimundo a causa de que el Programa X fue ejecutado. Sin embargo, un grupo de digimon sobrevivientes, los "Digimon X", quienes desarrollaron el Anticuerpo X para volverse inmunes al Programa X, lograron infiltrarse a este nuevo mundo.
